Kurs porusza zagadnienia epigenetycznej regulacji ekspresji genów, skupiając się przede wszystkim na metylacji DNA oraz modyfikacjach histonów. Zapoznaje uczestników z wysokoprzepustowymi metodami opartymi o sekwencjonowanie krótkich i długich odczytów używanych do analizy w/w mechanizmów regulacji. Rekomendowany jest osobom posiadającym podstawowe umiejętności pracy w linii komend w systemach operacyjnych opartych o architekturę Unix (Linux lub Mac OS). Mile widziana podstawowa znajomość R i Rstudio. Szkolenie ma charakter warsztatu prowadzonego na żywo, z możliwością obustronnej interakcji pomiędzy uczestnikami a prowadzącym, z możliwością zadawania pytań i sprawdzaniem postępów w zdobywaniu wiedzy. Uczestnicy po zakończeniu warsztatu otrzymają pocztą elektroniczną certyfikat potwierdzający ukończenie kursu.

Termin: 12, 13 i 14 października 2026, 9:00 – 14:00 (3-dniowe warsztaty online).

Liczba godzin: 15 (5 godzin każdego dnia z 2 przerwami kawowymi).

Lokalizacja: warsztaty zdalne.

Grupa: do 10 osób.

Wykładowca: Dr Marcin Sajek

Cena: 1899 zł netto (2335,77 zł brutto). Pracownikom finansowanym przez instytucje naukowe (lub inne jednostki finansowane ze środków publicznych) przysługuje zwolnienie z VAT.

Metody płatności: przelew na konto.

Zagadnienia:

• Epigenetyczne mechanizmy regulacji ekspresji genów
• Metody badania metylacji DNA
• Metody badania modyfikacji histonów
• Inne mechanizmy epigenetyczne i wysokoprzepustowe narzędzia do ich badania
• Sekwencjonowanie krótkich odczytów (Illumina) w badaniach epigenomu i chromatyny
• Sekwencjonowanie długich odczytów z użyciem technologii Oxford Nanopore (Oxford Nanopore Technology) w badaniach epigenomu i epitranskryptomu
• Ilościowa analiza modyfikowanych nukleozydów metodami genomicznymi/transkryptomicznymi i jej ograniczenia
• Integracja danych epigenomicznych z danymi omicznymi uzyskanymi w innych eksperymentach

Cele kształcenia

Po kursie uczestnik będzie:

1. Posiadać wiedzę na temat mechanizmów regulacji epigenetycznej.
2. Znać zalety i wady metod badań regulacji epigenetycznej opartych o sekwencjonowanie krótkich i długich odczytów.
3. Znać strukturę i formaty danych dla sekwencjonowania Ilumina oraz Oxford Nanopore Technology oraz poszczególne etapy analizy danych.
4. Znać oprogramowanie umożliwiające analizę danych epigenetycznych.
5. Interpretować uzyskane wyniki w odniesieniu do innych danych omicznych.

Dr Marcin Sajek

Kierownik pracowni bioinformatyki w Instytucie Genetyki Człowieka, Polskiej Akademii Nauk w Poznaniu. Doświadczenie zdobywał na uczelniach niemieckich (Laboratory of Biochemistry, Bayreuth University) oraz amerykańskich – HHMI Laboratory of RNA Molecular Biology, The Rockefeller University w Nowym Jorku oraz Department of Biochemistry and Molecular Genetics, RNA Bioscience Initiative, University of Colorado School of Medicine w Denver. Zainteresowania naukowe skupiają się przede wszystkim na epitranskryptomice/epigenetyce oraz szeroko pojętej biologii obliczeniowej RNA. Współpracuje m.in. z University of Colorado, Vanderbilt University, University Medical Center Groningen czy Instytutem Chemii Bioorganicznej w Poznaniu. Jest członkiem RNA Society oraz Human RNome Project.