Kurs koncentruje się na omówieniu metod identyfikacji oraz analizy ilościowej białek, głównie w oparciu o wykorzystanie niskoprzepływowej chromatografii cieczowej oraz spektrometrii mas. Po omówieniu metod analitycznych oraz sposobów znakowania białek do ich ilościowego oznaczania zapoznamy Państwa ze strukturą danych proteomicznych, metodami ich wstępnego opracowania oraz wykorzystaniem dostępnych narzędzi wspomagających obróbkę danych. Kurs jest skierowany do osób rozpoczynających swoją przygodę z wiedzą biochemiczną oraz bioinformatyczną, jak i do osób które chcą wykorzystać zdobytą już wiedzę do zgłębienia zagadnienia analiz proteomicznych na wyższym poziomie poznając tajniki struktury danych uzyskiwanych na co dzień w laboratoriach analityki biochemicznej czy biomedycznej. Szkolenie ma charakter warsztatu prowadzonego na żywo, z możliwością obustronnej interakcji pomiędzy uczestnikami a prowadzącym, z możliwością zadawania pytań i sprawdzaniem postępów w zdobywaniu wiedzy. Uczestnicy po zakończeniu warsztatu otrzymają pocztą elektroniczną certyfikat potwierdzający ukończenie kursu.

Termin: 23 i 24 maja 2024, 9:00-14:00 (2-dniowe warsztaty online).

Liczba godzin: 10 (5 godzin każdego dnia z przerwą kawową).

Lokalizacja: warsztaty zdalne.

Grupa: maksymalnie 10 osób.

Wykładowca: dr Łukasz Marczak

Cena: 1499 zł netto (1843,77 zł brutto). Pracownikom finansowanym przez instytucje naukowe przysługuje cena
netto (zwolnienie z VAT).

Zagadnienia:

• Podstawy spektrometrii mas oraz chromatografii w kontekście analityki proteomicznej
• Struktura i przetwarzanie surowych danych proteomicznych, sposoby identyfikacji białek oraz metody
  ilościowej analizy danych
• Praca na sekwencjach aminokwasowych, tworzenie i zarządzanie bazami sekwencji, możliwości analizy
  modyfikacji potranslacyjnych, itp.
• Interpretacja i wstępne opracowania danych LC-MS: dekonwolucja, normalizacja danych, skalowanie, dopasowanie
  między próbkami (alignment)
• Metody statystyczne stosowane w analizach proteomicznych; analiza jednoczynnikowa – ANOVA, t-test, fold
  change, korelacje danych, itp.; analiza wielowymiarowa – PCA, PLS-DA, OPLS-DA, clustering, heatmapy, itp
• Analiza biomarkerów pod kątem identyfikacji różnicujących cech proteomicznych, np. krzywe ROC,
  klasyfikatory, tworzenie modeli, itp.
• Dostępne platformy internetowe do przetwarzania i analizy danych proteomicznych
• Analiza funkcjonalna danych proteomicznych, integracja z danymi omicznymi uzyskanymi na innych poziomach.

.

Dr Łukasz Marczak

Kierownik Pracowni Spektrometrii Mas w Instytucie Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk w Poznaniu. Autor i współautor ponad 100 publikacji naukowych, w czasie swojej 20-letniej kariery był kierownikiem oraz wykonawcą wielu projektów badawczych z dziedziny spektrometrii mas, proteomiki oraz metabolomiki. Organizator wielu krajowych oraz międzynarodowych konferencji naukowych. Doświadczony szkoleniowiec i ceniony ekspert w dziedzinie analityki, były sekretarz Polskiego Towarzystwa Spektrometrii Mas oraz wieloletni prezes Polskiego Towarzystwa Proteomicznego. Doświadczenie zdobywał w kraju oraz za granicą, m.in. podczas stażu na Uniwersytecie w Tuluzie czy staży w Instytucie INRA w Wersalu we Francji. Współpracuje m.in. z Uniwersytetem Przyrodniczym w Poznaniu, Politechniką Poznańską, Instytutem Genetyki Roślin, Instytutem Onkologii w Gliwicach oraz Uniwersytetem w Pittsburgu.