Analiza danych proteomicznych – chromatografia – spektrometria mas (2-dniowe warsztaty online)

Kurs koncentruje się na omówieniu metod identyfikacji oraz analizy ilościowej białek, głównie w oparciu o wykorzystanie niskoprzepływowej chromatografii cieczowej oraz spektrometrii mas. Po omówieniu metod analitycznych oraz sposobów znakowania białek do ich ilościowego oznaczania zapoznamy Państwa ze strukturą danych proteomicznych, metodami ich wstępnego opracowania oraz wykorzystaniem dostępnych narzędzi wspomagających obróbkę danych. Kurs jest skierowany do osób rozpoczynających swoją przygodę z wiedzą biochemiczną oraz bioinformatyczną, jak i do osób które chcą wykorzystać zdobytą już wiedzę do zgłębienia zagadnienia analiz proteomicznych na wyższym poziomie poznając tajniki struktury danych uzyskiwanych na co dzień w laboratoriach analityki biochemicznej czy biomedycznej. Szkolenie ma charakter warsztatu prowadzonego na żywo, z możliwością obustronnej interakcji pomiędzy uczestnikami a prowadzącym, z możliwością zadawania pytań i sprawdzaniem postępów w zdobywaniu wiedzy. Uczestnicy po zakończeniu warsztatu otrzymają pocztą elektroniczną certyfikat potwierdzający ukończenie kursu.

Termin: 10 i 11 kwietnia 2025, 9:00-14:00 (2-dniowe warsztaty online).

Liczba godzin: 10 (5 godzin każdego dnia z przerwą kawową).

Lokalizacja: warsztaty zdalne.

Grupa: maksymalnie 10 osób.

Wykładowca: Dr Łukasz Marczak

Cena: 1649 zł netto (2028,27 zł brutto). Pracownikom finansowanym przez instytucje naukowe przysługuje cena
netto (zwolnienie z VAT).

Metody płatności: przelew na konto.

Zagadnienia:

  • Podstawy spektrometrii mas oraz chromatografii w kontekście analityki proteomicznej
  • Struktura i przetwarzanie surowych danych proteomicznych, sposoby identyfikacji białek oraz metody
    ilościowej analizy danych
  • Praca na sekwencjach aminokwasowych, tworzenie i zarządzanie bazami sekwencji, możliwości analizy
    modyfikacji potranslacyjnych, itp.
  • Interpretacja i wstępne opracowania danych LC-MS: dekonwolucja, normalizacja danych, skalowanie, dopasowanie
    między próbkami (alignment)
  • Metody statystyczne stosowane w analizach proteomicznych; analiza jednoczynnikowa – ANOVA, t-test, fold
    change, korelacje danych, itp.; analiza wielowymiarowa – PCA, PLS-DA, OPLS-DA, clustering, heatmapy, itp
  • Analiza biomarkerów pod kątem identyfikacji różnicujących cech proteomicznych, np. krzywe ROC,
    klasyfikatory, tworzenie modeli, itp.
  • Dostępne platformy internetowe do przetwarzania i analizy danych proteomicznych
  • Analiza funkcjonalna danych proteomicznych, integracja z danymi omicznymi uzyskanymi na innych poziomach.

Cele kształcenia

Po kursie uczestnik będzie:

  1. Posiadać bogatą wiedzę na temat badań proteomicznych oraz dobierze odpowiednie metody analityczne do zagadnienia badawczego
  2. Wiedzieć czym jest spektrometria mas i jakie jest jej znaczenie w badaniach proteomicznych
  3. Wiedzieć jak zidentyfikować białko metodami PMF oraz z użyciem tandemowej spektrometrii mas
  4. Wiedzieć jakie są podejścia badawcze w proteomicznej analizie ilościowej (znakowanie stabilnymi izotopami, label-free) i potrafić dobrać odpowiednią technikę do swoich potrzeb
  5. Potrafić projektować i realizować eksperymenty proteomiczne z zastosowaniem nowoczesnych technik analitycznych:
    1. Mapowania peptydów (PMF)
    2. Analizy DDA
    3. Analizy DIA
    4. Analizy celowanej MRM, PRM
  6. Wiedzieć jak wykonuje się sekwencjonowanie białka de novo
  7. Wiedzieć czym jest mobilność jonowa w spektrometrii mas i jak ją wykorzystać w badaniach proteomu
  8. Znać i rozumieć strukturę danych w plikach wynikowych uzyskanych najważniejszymi technikami analitycznymi
  9. Umieć efektywnie przetwarzać surowe dane uzyskane z technik PMF (mapowanie peptydów) oraz LC-MS (bottom-up proteomics)
  10. Znać narzędzia bioinformatyczne służące do identyfikacji białek oraz do analiz ilościowych białek
  11. Potrafić dobrać odpowiednie metody statystyczne do opracowania uzyskanych danych

.

Dr Łukasz Marczak

Kierownik Pracowni Spektrometrii Mas w Instytucie Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk w Poznaniu. Autor i współautor ponad 100 publikacji naukowych, w czasie swojej 20-letniej kariery był kierownikiem oraz wykonawcą wielu projektów badawczych z dziedziny spektrometrii mas, proteomiki oraz metabolomiki. Organizator wielu krajowych oraz międzynarodowych konferencji naukowych. Doświadczony szkoleniowiec i ceniony ekspert w dziedzinie analityki, były sekretarz Polskiego Towarzystwa Spektrometrii Mas oraz wieloletni prezes Polskiego Towarzystwa Proteomicznego. Doświadczenie zdobywał w kraju oraz za granicą, m.in. podczas stażu na Uniwersytecie w Tuluzie czy staży w Instytucie INRA w Wersalu we Francji. Współpracuje m.in. z Uniwersytetem Przyrodniczym w Poznaniu, Politechniką Poznańską, Instytutem Genetyki Roślin, Instytutem Onkologii w Gliwicach oraz Uniwersytetem w Pittsburgu.

 

Data

10-04-2025 do
11-04-2025
 

Udostępnij wydarzenie

Zapisz się do naszego Newslettera!
Zapisz się do naszego newslettera i otrzymaj 10% zniżki przy pierwszym zamówienia na jeden z naszych dwudniowych warsztatów, bieżące informacje dotyczące naszych produktów i usług oraz nowości ze świata bioinformatyki!
icon