Kurs rekomendujemy pracownikom naukowym, którzy mieli już do czynienia z programowaniem w R lub odbyli nasz kurs z wprowadzenia do R.  Warsztaty zaczniemy przedstawienia specyfiki analiz danych wysokoprzepustowych, jakimi są dane pochodzące z eksperymentu RNA-seq. Zapoznamy Państwa z kompleksową analizą transkryptomu. Składają się na nią elementy takie jak analiza jakości, mapowanie, wstępna filtracja i normalizacja, analiza wyższego rzędu czyli analiza różnicowa oraz ontologia genowa. Przekazujemy wiedzę praktyczną popartą przykładami, ćwiczeniami oraz tzw. case study. Kurs ma na celu wprowadzić w podstawy analiz dużych zbiorów danych next generation sequencing (NGS). Szkolenie ma charakter prowadzonego na żywo warsztatu, ze sprawdzaniem postępów uczestników i możliwością zadawania pytań. Uczestnicy po zakończeniu warsztatu otrzymają pocztą elektroniczną certyfikat potwierdzający ukończenie kursu.

Terminy: 15 i 22 listopada 2024, 9:00-14:00 (2-dniowe warsztaty online).

Liczba godzin: 10 (5 godzin każdego dnia z przerwą kawową).

Lokalizacja: warsztaty zdalne.

Grupa: do 7 osób.

Wykładowcy: dr Arkadiusz Kajdasz

Cena: 1699 zł netto (2089,77 zł brutto). Pracownikom finansowanym przez instytucje naukowe (lub inne jednostki finansowane ze środków publicznych) przysługuje zwolnienie z VAT.

Zagadnienia:

• Wprowadzenie do RNA-seq i Bioconductor
• Analiza jakości sekwencjonowania
• Mapowanie i zliczanie odczytów
• Wstępna obróbka danych countowych
• Podstawowe testy statystyczne dla danych NGS: edgeR, deseq, limma
• Analiza GO i KEGG
• Wizualizacja wyników
• Case study

Dr Arkadiusz Kajdasz

Obecnie pracuje w Instytucie Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk w Poznaniu. Doświadczenie dydaktyczne zdobywał w pracy ze studentami na Uniwersytecie im. A. Mickiewicza w Poznaniu. Naukowo interesuje się metabolizmem i potranskrypcyjnymi modyfikacjami RNA. Praktyk w analizie danych pochodzących z RNA-Seq. Uczestnik wielu kursów bioinformatycznych organizowanych w kraju i zagranicą (np. przez Ontario Institute for Cancer Research w Toronto w Kanadzie). Współpracuje z Uniwersytetem Przyrodniczym w Poznaniu oraz z Wojskowym Instytutem Medycznym w Warszawie.