Warsztat jest skierowany do osób, które posiadają podstawowe umiejętności bioinformatycznego przetwarzania danych metabolomicznych i chcą poszerzyć swoją wiedzę w zakresie projektowania wieloczynnikowego eksperymentu metabolomicznego, przetwarzania danych LC-MS i/lub z wykorzystaniem mobilności jonowej. Zapoznamy Państwa z zaawansowanymi technikami do filtrowania danych, łączenia sygnałów z jonizacji dodatniej i ujemnej, adnotacji nieznanych sygnałów, tworzenia sieci biochemicznych interakcji oraz sieci podobieństwa widm masowych. Szczególny nacisk zostanie położony na przybliżenie metod statystycznych w eksperymentach wieloczynnikowych oraz wykorzystanie widm MS/MS do weryfikacji i identyfikacji metabolitów. Warsztat będzie łączył wiedzę praktyczną z przykładami, ćwiczeniami i studium przypadku. Szkolenie ma charakter prowadzonego na żywo warsztatu, ze sprawdzaniem postępów uczestników i możliwością zadawania pytań. Uczestnicy po zakończeniu warsztatu otrzymają pocztą elektroniczną certyfikat potwierdzający ukończenie kursu.

Termin: 17 i 18 marca 2025, 9:00 – 14:00.

Liczba godzin: 10 (5 godzin każdego dnia z przerwą kawową).

Lokalizacja: warsztaty zdalne.

Grupa: do 10 osób.

Wykładowca: Dr inż. Anna Piasecka

Cena: 1899 zł netto (2335,77 zł brutto). Pracownikom finansowanym przez instytucje naukowe przysługuje cena netto (zwolnienie z VAT).

Metody płatności: przelew na konto.

Zagadnienia:

• Identyfikacja sygnałów LC-MS/MS i LC-MS, strategie, dostępne oprogramowanie i bazy danych.
• Adnotacja sygnałów MS/MS na podstawie dedykowanych baz danych i baz ścieżek biochemicznych oraz tworzenie sieci molekularnych na podstawie widm MS/MS.
• Metody statystyczne stosowane w eksperymentach wieloczynnikowych: jednokierunkowa, dwukierunkowa i trójkierunkowa ANOVA oraz kiedy stosować którą z nich, analizy post-hoc, FDR i inne.
• Metody weryfikacji przetwarzania danych metabolomicznych: łączenie jonizacji dodatniej i ujemnej, korekty adduktów, zmniejszanie redundancji sygnałów przez porównywanie do prób ślepych i próbek QC.
• Redukcja struktury na podstawie widm MS/MS, fragmentacji in-silico, obliczenie wzoru molekularnego.
• Platformy online do przetwarzania i analiz danych MS/MS i mobilności jonowej MS.
• Analiza zagęszczania, analiza funkcjonalna, integracja z innymi danymi omicznymi, sieci korelacyjne.

Harmonogram warsztatów:

1. Identyfikacja sygnałów LC-MS/MS i LC-MS, strategie, dostępne oprogramowanie i bazy danych.
1. Właściwe planowanie eksperymentu i strategie pozyskiwania danych,
2. różne schematy metabolomiki niecelowanej,
3. tryby analiz DDA oraz DIA,
4. sprawdzanie jakości uzyskanych danych.
2. Przetwarzanie danych metabolomicznych z ćwiczeniami praktycznymi.
1. Przetwarzanie danych MS/MS i ruchliwości jonów,
2. scalanie danych z jonizacji dodatniej i ujemnej,
3. filtrowanie sygnałów i eliminacja adduktów,
4. usuwanie dryfu jonów tła,
5. filtrowanie nietypowych defektów masowych, próg względnego odchylenia standardowego (RSD) oparty na grupowaniu próbek,
6. usuwanie względnych defektów masowych (RMD).
3. Wprowadzenie do wieloczynnikowej analizy statystycznej z ćwiczeniami praktycznymi.
1. Czynniki i zmienne w eksperymencie metabolomicznym,
2. prawidłowe zaprojektowanie wieloczynnikowego eksperymentu dla metabolomiki,
3. analiza danych jedno- i wielowymiarowych,
4. dwu- i trójczynnikowa anova dla metabolomiki,
5. wizualizacja wyników statystycznych.
4. Identyfikacja a adnotacja istotnych biologicznie i statystycznie sygnałów z ćwiczeniami praktycznymi.
1. Automatyczna adnotacja metabolitów do wielu bazy danych metabolomicznych i ścieżek biologicznych,
2. analiza funkcjonalna z ćwiczeniami praktycznymi,
3. typy sieci korelacyjnych i sieci interakcji biochemicznych stosowanych w metabolomice,
4. tworzenie sieci molekularnych na podstawie widm MS/MS,
5. adnotacja in silico- z wykorzystaniem systemu scoringowego HRR (hydrogen rearrangement rules),
6. poprawa wskaźnika adnotacji sygnałów.
5. Integracja danych metabolomicznych z innymi omikami z ćwiczeniami praktycznymi.
1. Integracja z danymi proteomicznymi,
2. integracja z danymi transkryptomicznymi,
3. repozytoria danych metabolomicznych i sposoby przechowywania surowych danych.

Cele kształcenia

Po kursie uczestnik będzie:

1. Posiadać zaawansowane umiejętności w zakresie przetwarzania, filtrowania i adnotacji danych metabolomicznych.
2. Umieć tworzyć sieci molekularne na podstawie widm MS/MS.
3. Potrafić stosować wieloczynnikowe metody statystyczne, takie jak dwu- i trzy-czynnikowa ANOVA.
4. Znać metody integracji danych metabolomicznych z innymi omikami, co umożliwi prowadzenie kompleksowych analiz.
5. Potrafić samodzielnie przeprowadzać kompleksowe eksperymenty metabolomiczne, obejmujące:
1. Planowanie eksperymentów,
2. Przetwarzanie uzyskanych danych,
3. Identyfikację i adnotację metabolitów.

Dr inż. Anna Piasecka

Adiunkt w Instytucie Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk w Poznaniu. Autorka licznych publikacji naukowych, kierownik oraz wykonawca wielu projektów badawczych. Doświadczony szkoleniowiec. Ekspert i praktyk w dziedzinie spektrometrii mas oraz bioinformatycznym przetwarzaniu danych metabolomicznych z 14-letnim doświadczeniem. Jeden z najlepszych europejskich specjalistów w dziedzinie metabolomiki. Odbyła staż zagraniczny w Getyndze. Współpracuje m. in. z Uniwersytetem Jagiellońskim, Szkołą Główną Gospodarstwa Wiejskiego, The Leibniz Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research, Max Planck Institute for Plant Breeding Research.